পরবর্তীতে জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয়ের অবকাঠামোগত উন্নয়ন ও উচ্চ শিক্ষার মানোন্নয়নের লক্ষ্যে ১০৭০৬.০০ লক্ষ টাকা প্রাক্কলিত ব্যয়ে “জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয় উন্নয়ন” শীর্ষক একটি প্রকল্প গ্রহণ করা হয়। প্রকল্পের আওতায় নিম্নলিখিত কার্যক্রম গৃহীত হয়ে।
 
 
ক) ইউটিলিটি ভবন
জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয়ের অবকাঠামোগত উন্নয়নকল্পে ১৫৩.০০ লক্ষ টাকা ব্যয়ে ইউটিলিটি ভবন সম্প্রসারণ করে ৩য় তলা থেকে ৬ষ্ঠ তলা পর্যন্ত উন্নীতকরণ করা হয়েছে। যেখানে বিশ্ববিদ্যালয়ের ব্যবহারের সুবিধার্থে একটি ব্যাংক ও ডাকঘর রয়েছে। এছাড়াও সেখানে তিনটি বিভাগ (নাট্যকলা বিভাগ, সংগীত বিভাগ ও চারুকলা বিভাগ) কার্যক্রম পরিচালনা করছে। এছাড়াও সেখানে কয়েকটি প্রশাসনিক দপ্তর রয়েছে।
 
খ) ডরমেটরি ভবন
বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষক ও কর্মকর্তাদের আবাসিক সুবিধা বৃদ্ধির উন্নয়ন প্রকল্পের আওতায় প্রায় ১৪৭ লক্ষ টাকা ব্যয়ে ডরমেটরি ভবনের ২য় তলা থেকে ৫ম তলা পর্যন্ত উর্ধ্বমুখী সম্প্রসারণের সম্পন্ন করা হয়েছে। সেখানে ইতোমধ্যে প্রায় ৮০ জন শিক্ষক বসবাস করছেন। এছাড়াও বিশ্ববিদ্যালয়ের কর্মরত শিক্ষক, কর্মকর্তা ও কর্মচারীদের সন্তানদের জন্য তৃতীয় তলায় ‘ডে কেয়ার সেন্টার’ স্থাপন করা হয়েছে।
 
গ) একাডেমিক ভবনের উর্ধ্বমুখী সম্প্রসারণ
বিশ্ববিদ্যালয়ের শ্রেণিকক্ষ, ল্যাবরেটরি ও প্রশাসনিক ভবনের অপর্যাপ্ততার বিষয়টি বিবেচনা করে একাডেমিক ভবনের উর্ধ্বমুখী সম্প্রসারণের (৮ম-১৬তলা) ব্যবস্থা গ্রহণ করা হয়। ২০১৪ সালের ১০ মার্চ উপাচার্য অধ্যাপক ড. মীজানুর রহমান সম্প্রসারণ কাজের শুভ উদ্বোধন করেন।
একাডেমিক-কাম-প্রশাসনিক ভবনের উর্ধ্বমুখী সম্প্রসারণের কাজ পুুরোদমে এগিয়ে চলছে। ১৩তলা পর্যন্ত ছাদ ঢালাই সম্পন্ন হয়েছে। অভ্যন্তরীণ ফিনিসিং এর কাজ প্রক্রিয়াধীন রয়েছে। ইতোমধ্যে কয়েকটি ফ্লোরে একাডেমিক কার্যক্রম পরিচালিত হচ্ছে।
 
ঘ) বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রথম হল ‘বেগম ফজিলাতুন্নেছা মুজিব হল’
২০১৩ সালের ২২ ডিসেম্বর গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকারের মাননীয় শিক্ষামন্ত্রী নুরুল ইসলাম নাহিদ এম.পি. বাংলাবাজারে অবস্থিত ‘বেগম ফজিলাতুন্নেছা মুজিব হল’-এর ভিত্তিপ্রস্তর স্থাপন করেন। ২০১৪ সালের ২০ অক্টোবর ৯ম বিশ্ববিদ্যালয় দিবসে নির্মাণ কাজের শুভ সূচনা করেন বাংলাদেশ বিশ্ববিদ্যালয় মঞ্জুরী কমিশনের তৎকালীন চেয়ারম্যান (প্রতিমন্ত্রী) অধ্যাপক ড. এ. কে. আজাদ চৌধুরী। ‘বেগম ফজিলাতুন্নেছা মুজিব হল’ হলটি সম্পন্ন হলে ১,০০০ ছাত্রীর আবাসন ব্যবস্থা করা সম্ভব হবে।